Expression reguliere
greppour rechercher un motif dans un fichier
[tranchant@node10 Bank]$ grep "gene" all.gff3 | head -3
Chr1 MSU_osa1r7 gene 2903 10817 . + . ID=LOC_Os01g01010;Name=LOC_Os01g01010;Note=TBC%20domain%20containing%20protein%2C%20expressed
Chr1 MSU_osa1r7 gene 11218 12435 . + . ID=LOC_Os01g01019;Name=LOC_Os01g01019;Note=expressed%20protein
Chr1 MSU_osa1r7 gene 12648 15915 . + . ID=LOC_Os01g01030;Name=LOC_Os01g01030;Note=monocopper%20oxidase%2C%20putative%2C%20expressed
[tranchant@node10 Bank]$ grep "gene" all.gff3 | tail -3
ChrSy MSU_osa1r7 mRNA 589676 589999 . + . ID=ChrSy.fgenesh.mRNA.89;Parent=ChrSy.fgenesh.gene.89;Name=ChrSy.fgenesh.mRNA.89
ChrSy MSU_osa1r7 CDS 589676 589999 11.35 + 0 ID=ChrSy.fgenesh.CDS.327;Parent=ChrSy.fgenesh.mRNA.89;score=11.35
ChrSy MSU_osa1r7 exon 589676 589999 11.35 +
grep -E "gene\s" all.gff3
Rechercher un motif (pattern) dans une chaine de caractère /MOTIF/
| motif recherché | Expresion regulière | |
|---|---|---|
| site restriction EcoRI | ATCGCGAATTCAC | /ATCGCGAATTCAC/ |
| site AvaII | GGACC ou GGTCC | /GGACC |
| /GG[AT]CC/ | ||
| site restriction BisI | GCNGC | /GC[ACGT]GC/ |
| motif recherché | Expresion regulière | |
|---|---|---|
| Motif avec une base T présente 3 à n fois | GATC GAAAATTC ... | /A{3,}/ |
| Motif avec une base T présente 0 à 7 fois | GAC GATC GATTC ... | /T{,7}/ |
| Motif présent en début de chaine | AAA... | ^AAA |
| Motif présent en fin de chaine | ...GGG | GGG$ |
^ATG[ATGC]{30,1000}A{5,10}$
Expression régulière ou rationnelle = Motif qui décrit un ensemble de chaînes de caractères possibles permettant de faire des sélections
Communes aux ERs basiques et étendues :
| ^ | début de ligne | ^LOC1 |
| $ | fin de ligne | LOC1$ |
| . | n’importe quel caractère | ^L.C1 |
| * | 0 à n fois | ATCA*T |
| [...] | plage de caractères permis | [ATGC] |
| [^...] | plage de caractères interdits | [^ATGC] |
| [0-9] | N’importe quel chiffre | |
| [a-z] | N’importe quelle lettre en minuscule | |
| [^A-Z] | N’importe quel caractère excepté une lettre en majuscule | |
| [a-zA-Z] | N’importe quelle lettre en minuscule ou majuscule | |
| \s | espace | |
| \t | tabulation |