Introduction

Introduction#

Objectifs du module#

The objectif!#

Optimiser vos analyses bioinformatiques sur un cluster en utilisant la puissance de Linux

Applications#

• Travailler avec de larges volumes de données (eg.: fastq, bam, gff, vcf).
• Filtrer rapidement des fichiers volumineux pour par ex substituer un motif, filtrer sur la taille de séquence, sur un chromosome
• Modifier le contenu d’un fichier avec des outils puissants : sed, awk
• Réaliser rapidement la même action sur plusieurs fichiers
• Ecrire de simple scripts bash