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Des commandes pour rechercher et modifier des fichiers

Sed#

Selection#

  • Sélection et affichage de lignes dans un fichier par numero de ligne:
    sed -n `line p`   inputfile
Affiche la 5ème ligne sed -n '5p' all.gff3
sed -n '5p' *.fastq sed -n -s '5p' *.fastq
Affiche la ligne 1 et 8 sed -n '1p; 8p' test.txt
Affiche la ligne 1 à 8 sed -n '1,8 p' test.txt
Affiche à partir de la ligne 1, toutes les 4 lignes sed -n '1~4p' ir.fastq
  • Sélection de lignes dans un fichier par motif 
    sed 'ER p'   inputfile
sed -n '/^Bonjour/p; /^Au revoir/p' test.sed
sed -n '/^Bonjour/,/4.$/p' test.sed

Suppresion#

  • Suppression de lignes dans un fichier par numero de ligne: 
    sed ‘line d '   inputfile
sed “2d; 4d” test.txt # supprime ligne 2 et 4
sed “2,4 d” test.txt # supprime ligne 2 à 4
sed '2~4d' irigin1_1.fastq
  • Suppression de lignes dans un fichier par motif: 
    sed 'ER p'   inputfile
    | | | | :-: | :-: | | sed '/^#/d' test.sed | |

Substitution#

  • Substitution/Remplacement dans lignes

Sélection de lignes dans un fichier vérifiant une expression régulière ET appliquant une modification ou un traitement

Example Description
sed "s/day/night/" file Change la 1ère occurrence de “day” par “night” par ligne
sed "s/linux/LINUX/2" file Change la 2ème  occurrence de “linux” par “LINUX” par ligne
sed "s/[lL]inux/LINUX/g" file Change toutes occurrences de “linux” par “LINUX”