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Introduction

Introduction#

Pourquoi programmer en Python ?#

Qu'est-ce qu'un programme ou un script ?#

  • Une suite d'instruction que l'ordinateur doit exécuter

  • => programmer = décrire à l'ordinateur très clairement tout ce qu'il doit faire

  • Un programme est décrit par un algorithme (= suite d'instructions)

Pourquoi apprendre à programmer ?#

  • Faire travailler l'ordinateur à notre place (calculs)

  • Automatiser / enchaîner des traitements (proposés par des outils existant)

  • Effectuer des tâches qu'aucun outils existant ne propose

Pourquoi en Python ?#

  • Un des langages le plus utilisés en bioinformatique car adéquat pour réaliser des scripts, portables sur Unix/Mac et sur Windows

  • Syntaxe du langage incite à la clarté

  • Langage interprété = programme traduit au fur et à mesure par un interpréteur afin d’être exécutée par l’ordinateur

  • Langage orienté objet, moderne, haut niveau
    => Biopython : ensemble de fonctions et procédures conçues pour le traitement et l'analyse de données biologiques

Référence : http://python.developpez.com/tutoriels/cours-python-uni-paris7/

Premiers pas#

Mode interactif (REPL)#

Exécution d’instructions simples, retour en direct
Le plus souvent utilisé : ipython (interpréteur amélioré)


Sortir de l'interpréteur avec la commande quit() / exit() ou Ctrl+d

Mode programmation / script#

exécution d'une suite d'instructions plus complexes écrites à l'avance

  • Écrire les instructions dans un fichier script_python.py ( # pour les commentaires)
  • Exécuter le script :
    • Soit avec la commande : python3 script_python.py
    • Soit en rendant le fichier script_python.py «  exécutable  » (qui doit l'interpréter):
      • Ajouter en 1er ligne du fichier 
        #!/usr/bin/env python3
      • Changer les droits du fichier 
        chmod +x script_python.py
      • Lancer la commande  
        ./script_python.py

Utilisation de nano pour éditer des fichiers#

nano : éditeur de fichier simple en ligne de commande. Installé sur toutes les machines Linux.

nano unfichier.py pour éditer un fichier existant ou créer un nouveau fichier

Sauvegarder et quitter : CTRL-X -> O -> Entrée

Note

Dans nano les raccourcis sont affichés en bas de l'écran

Chez vous, vous voudrez probablement utiliser un éditeur plus complet (vim, VS Code, Sublime Text, …) ou un IDE ( PyCharm, Spyder).

PyCharm#

Avantage de PyCharm pour éditer des fichiers python#

  • environnement de développement intégré (IDE) Utilisable sur Windows, Linux et Mac

  • Utilise l'auto complétion du code

  • gère l’indentation du code

  • Affiche des messages si erreur de syntaxe, propose les importations de librairie, analyse en temps réel du code, …

Utiliser Python avec PyCharm#

  • Mode interactif (REPL) Exécution d’instructions simples, retour en direct