Modules utiles

Modules utiles#

Dans la librairie standard (préinstallés) :

• math : fonctions et constantes mathématiques de base (sin, cos, exp, pi…)
• random : génération de l'aléatoire (nombres, choix…)
• sys : passage d'argument, gestion de l'entrée/sortie standard…
• os : dialogue avec le système d'exploitation (système de fichiers, variables d'environnement…)
• subprocess : lancer d'autre programmes à partir de Python
• re : utilisation des expressions régulières
• csv, json : lecture et écriture des formats éponymes
• gzip : ouverture de fichiers .gz

• argparse : gestion avancée des paramètres en ligne de commande

  Tous les modules de la librairie standard et leur documentation : https://docs.python.org/3/library/index.html

Modules (tiers) utiles#

• Calcul scientifique optimisé (matrices, arrays, …) : NumPy

• Manipuler les données sous forme de DataFrames (tableaux) : pandas

• Génération de graphiques : MatPlotLib (pyplot), Plotly (plot interactif)

• Requêtes HTTP (web) : requests

Quelques librairies tierces utiles#

• Outils de machine learning/statistiques avancées : Scikit-learn

• Réseau : NetworkX

• Interpréteur amélioré : IPython

• Notebooks interactifs à la Rmarkdown: jupyter

• Parsing de formats de bioinformatique :

  FASTA, FASTQ, GB (BLAST, formats d'alignement ésotériques) : Biopython

  SAM, BAM, CRAM : pysam

  VCF : pyvcf

  GFF : GFFutils

• Visualisation : DNA Features Viewer