Summary

• Exercice 1: Installation et configuration de Singularity
• Exercice 2: Créer des conteneurs singularity
• Exercice 3: Création de modulefiles à base de conteneurs singularity
• Exercice 4: Utilisation de Slurm
• Links
• License

Exercice 1: Installation et configuration de Singularity

Installer singularity sur le cluster et sur les VMs

Exercice 2: Créer des conteneurs singularity

Créer les conteneurs singularity des logiciels suivants:

• atropos 1.1.14
• flash 1.2.11
• cutadapt 1.2.1
• spades 3.13.0
• uclust 1.2.22
• pear 0.9.11
• hisat2 2.0.0
• bedtools 2.26.0

Exercice 3: Création de modulefiles à base de conteneurs singularity

Créer les modulefiles faisant appel aux conteneurs singularity suivants:

• atropos 1.1.14
• flash 1.2.11
• cutadapt 1.2.1
• spades 3.13.0
• uclust 1.2.22
• pear 0.9.11
• hisat2 2.0.0
• bedtools 2.26.0

Exercice 4: Utilisation de Slurm

Créer une partition short dans slurm avec une time limit de 1 jour.

Créer un script se lançant sur la partition short avec 2 coeurs qui copie le répertoire tp-cluster dans le /tmp de node0

Puis lancer la commande:

$ blastn -db All-EST-coffea.fasta -query sequence-NMT.fasta -out blastn.out

et récupérer le fichier blastn.out dans son /home

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