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Les avancées spectaculaires des technologies de séquençage de 2ème et 3ème génération sont une véritable révolution pour la recherche en science de la vie.
Ces techniques permettent le séquençage en quelques semaines de génomes entiers d’organismes complexes, générant une explosion du volume de données génomiques. Toutefois l’analyse de telles masses d’informations nécessite des compétences en linux, en bioinformatique ainsi qu’une bonne connaissance et maîtrise de nombreux algorithmes et logiciels. La réalisation de ces analyses nécessite également l’accès à des ressources de calcul telles que des clusters de calcul. Le programme Genome Harvest et la plateforme bioinformatique organisent, du 28 Janvier au 1er Février 2019, une formation en bioinformatique dédiée à l'analyse de données de séquençage acquises par GBS. |
Prérequis
Aucun
Programme
- Linux et lignes de commandes - cours, exo, sol
- Détection de variant à partir de données GBS - Cours
- Initiation à Galaxy - Cours, TD
- Outils Genome Harvest - GenomeHarvest,VCFHunter, Autres outils
- Tutorial: Linux - SNP - RNA-seq
Objectifs
Après la formation, les participants seront capables de :- se connecter à un cluster Linux
- utiliser les commandes basiques de Linux
- réaliser un appel de variant à partir de données GBS
- utiliser Galaxy
- utiliser les outils d'analyse de génome mosaique issus de Génome Harvest
Instructors
- Gautier Sarah (GS) - gautier.sarah@inra.fr
- Guillaume Martin (GM) - guillaume.martin@cirad.fr
- Alexis Dereeper (AD) - alexis.dereeper@ird.fr