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Exercices

Base hg18_hapmap :

Sur http://gigwa.ird.fr

• Compter les variants bi-alléliques du chr1 ayant un impact sur les gènes KIAA2013 ou CLCN6

• Déterminer une zone du chromosome 19 qui ne semble pas avoir été couverte lors du génotypage

• Créer un groupe d’individus avec tous ceux de la population JPT puis afficher les variants bi-alléliques du chr1 avec maximum 10% de données manquantes et un génotype majoritaire représenté à au moins 90%

• Créer un groupe avec les 5 premiers individus de la liste puis chercher les variants 3’UTR bi-alléliques du chromosome 1 pour lesquels ces 5 individus ont tous un génoype (aucune donnée manquante) mais pas tous le même

• Installer / lancer IGV sur le poste local, puis lui transmettre directement le jeu de données (format VCF) sélectionné dans Gigwa au point précédent

Base Pundamilia

Sur http://gigwa.southgreen.fr

• Identifier dans DataDryad les fichiers de génotypes et de phénotypes de la publication http://www.g3journal.org/content/8/7/2411

• S’identifier dans Gigwa avec le nom d’utilisateur et le mot de passe fournis

• Importer dans Gigwa le fichier de génotypes puis le fichier de phénotypes (base correspondant au username)

• Retrouver le QTL associé à la détermination du sexe

• Envoyer vers Galaxy Southgreen la liste des variants du QTL au format BED

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