rapgreen

Class TreeStats

java.lang.Object

rapgreen.TreeStats

public class TreeStats
extends java.lang.Object

Field Summary

Fields

Modifier and Type	Field and Description
static boolean	aeluropus
static boolean	allStats
static boolean	banana
static boolean	depths
static boolean	duplicationmatrix
static boolean	fullRepresentation
static java.util.Hashtable	globalTable
static java.lang.String	key
static int	minSeqNumber
static double	minSupport
static boolean	monodic
static boolean	nbleaves
static boolean	orthologs
static java.io.File	outputFile Output cluster file
static java.lang.String	rootTaxa
static java.io.File	speciesFile
static boolean	speciesRepresentation
static java.util.Vector	subspecies
static java.util.Vector	subspeciesTags
static java.io.File	treeFile Input tree file
static java.io.File	ultraFile Output id file
static boolean	ultraparalogs

Constructor Summary

Constructors

Constructor and Description
TreeStats()

Method Summary

Methods

Modifier and Type	Method and Description
static void	main(java.lang.String[] args)
static int	regexOccur(java.lang.String text, java.lang.String regex) Renvoie le nombre d'occurrences du pattern spécifié dans la chaine de caractères spécifiée
static int	stringOccur(java.lang.String text, java.lang.String string) Renvoie le nombre d'occurrences de la sous-chaine de caractères spécifiée dans la chaine de caractères spécifiée

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

Field Detail

treeFile

public static java.io.File treeFile

Input tree file

outputFile

public static java.io.File outputFile

Output cluster file

ultraFile

public static java.io.File ultraFile

Output id file

speciesFile

public static java.io.File speciesFile

minSeqNumber

public static int minSeqNumber

minSupport

public static double minSupport

key

public static java.lang.String key

rootTaxa

public static java.lang.String rootTaxa

subspecies

public static java.util.Vector subspecies

subspeciesTags

public static java.util.Vector subspeciesTags

globalTable

public static java.util.Hashtable globalTable

nbleaves

public static boolean nbleaves

depths

public static boolean depths

speciesRepresentation

public static boolean speciesRepresentation

fullRepresentation

public static boolean fullRepresentation

allStats

public static boolean allStats

ultraparalogs

public static boolean ultraparalogs

orthologs

public static boolean orthologs

aeluropus

public static boolean aeluropus

banana

public static boolean banana

duplicationmatrix

public static boolean duplicationmatrix

monodic

public static boolean monodic

Constructor Detail

TreeStats

public TreeStats()

Method Detail

main

public static void main(java.lang.String[] args)

stringOccur

public static final int stringOccur(java.lang.String text,
              java.lang.String string)

Renvoie le nombre d'occurrences de la sous-chaine de caractères spécifiée dans la chaine de caractères spécifiée

Parameters:

text - chaine de caractères initiale

string - sous-chaine de caractères dont le nombre d'occurrences doit etre compté

Returns:

le nombre d'occurrences du pattern spécifié dans la chaine de caractères spécifiée

regexOccur

public static final int regexOccur(java.lang.String text,
             java.lang.String regex)

Renvoie le nombre d'occurrences du pattern spécifié dans la chaine de caractères spécifiée

Parameters:

text - chaine de caractères initiale

regex - expression régulière dont le nombre d'occurrences doit etre compté

Returns:

le nombre d'occurrences du pattern spécifié dans la chaine de caractères spécifiée