Summary

• Exercice 1: Installer centos 7 sur une VM
• Exercice 2: Ajout d’un disque scratch sur un noeud de calcul
• Exercice 3: Installation de logiciels
• Exercice 4: Création de Modulefiles
• Links
• License

Exercice 1: Installer centos 7 sur une VM

Récupérer l’iso de Centos 7 et faire l’installation du système en suivant la procédure

Exercice 2: Ajout d’un disque scratch sur un noeud de calcul

Rajouter physiquement un disque dur le node0.

Formater le disque en xfs.

Monter le disque avec le nom /scratch

Exercice 3: Installation de logiciels

A partir des sources, installer sur le cluster dans /usr/local les logiciels suivants:

• gatk 3.3
• atropos 1.1.14
• picard-tools 1.63
• flash 1.2.11
• cutadapt 1.2.1
• spades 3.13.0
• uclust 1.2.22
• qiime2
• pear 0.9.11
• texlive 2017
• hisat2 2.0.0
• bedtools 2.26.0
• perl 5.24.0
• R 3.6.1
• Rstudio 1.2.5001
• Le package R PIVOT: https://github.com/qinzhu/PIVOT

Exercice 4: Création de Modulefiles

Créer les modulefiles des logiciels installés précédemment

Links

• Cours liés : Module1 HPC Admin

License

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