South Green Logo

South Green Trainings pages

Description Installation de Singularity sur Centos7
Support de cours liés HPC Administration Module2
Auteur Ndomassi TANDO (ndomassi.tando@ird.fr)
Date de création 24/09/2019
Date de modification 24/09/2019

Summary

Installer les dépendances

$ sudo yum update -y && \
      sudo yum groupinstall -y 'Development Tools' && \
      sudo yum install -y \
      openssl-devel \
      libuuid-devel \
      libseccomp-devel \
      wget \
      squashfs-tools \
      git

Installer le langage de programmation Go:

Aller sur Download Page et choisir l’archive go.1.12.5.linux-amd64.tar.gz

Lancer les commandes suivantes:

# Télécharger l'archive
    wget https://dl.google.com/go/go1.12.5.linux-amd64.tar.gz
    # Extraire l'archive dans /usr/local
    sudo tar -C /usr/local -xzvf go1.12.5.linux-amd64.tar.gz

Mettre en place votre environnement pour Go avec les commandes suivantes:

# Créer la variable GOPATH  dans /etc/profile
    echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> /etc/profile
    # Posttionner  le PATH avec Go
    echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> /etc/profile
    # Resource /etc/profile pour prendre e compte les modifs
     source /etc/profile

Pour Singularity > v3.0.0, on a aussi besoin d’installer dep pour la résolution de dépendances

go get -u github.com/golang/dep/

Télécharger et installer singularity depuis le repo:

Télécharger le code source de singularity avec:

go get -d github.com/sylabs/singularity

On obtient un warning mais ça télécharge quand même le code source de Singularity dans le répertoire approprié dans $GOPATH

# aller dans le répertoire singularity
     cd ~/go/src/github.com/sylabs/singularity/ 
     # lancer la commande mconfig ( avec --prefix=path pour fixer le répertoire d'installation)
     ./mconfig --prefix=/usr/local/singularity
     # Compiler dans le répertoire de build 
     make -C ./builddir
     # Installer les binaires dans /usr/local/singularity/bin en tant que  superuser
     sudo make -C ./builddir install

Taper les commandes suivantes dans /etc/profile pour permettre la completion dans Singularity:

. /usr/local/etc/bash_completion.d/singularity
    # resourcer /etc/profile
    source /etc/profile

Télécharger et installer singularity 2.6:

$ sudo yum update && \

$ sudo yum groupinstall 'Development Tools' && \

$ sudo yum install libarchive-devel squashfs-tools

$ git clone https://github.com/sylabs/singularity.git

$ cd singularity

$ git fetch --all

$ git checkout 2.6.0

$ ./autogen.sh

$ ./configure --prefix=/usr/local/singularity-2.6

$ make

$ sudo make install

<a name=”part-5></a>

Modifier les Bind path dans Singularity

Les bind path sont les partitions de l’hôte qui sont directement montées dans un conteneur lorsqu’on le lance.

Modifier le fichier /usr/local/singularity/etc/singularity/singularity.conf

Dans la rubrique BIND PATH

Rajouter les lignes:

Par exemple:

bind path = /opt
bind path = /scratch
bind path = /data

Il faut également activer l’overlay avec la ligne:

enable overlay = yes

License

The resource material is licensed under the Creative Commons Attribution 4.0 International License (here).